Autoimune bolesti nastaju, kada se odbrambeni sistem organizma (imuni sistem), greškom, okrene protiv sopstvenog dela tela. Do ove situacije može doći nakon virusne infekcije ili kada dođe do reakcije organizma na neki sastojak hrane.
Rezultati istraživanja su pokazali da su osobe obolele od dijabetesa tipa 2, češće koristile antibiotike. Ne može se sa sigurnošću potvrditi tačan uzrok ove povezanosti, ali istraživanja ukazuju da se dijabetes tipa 2 razvijao godinama kod ljudi koji su bili izloženi virusnim infekcijama. Antibiotici imaju direktno dejstvo na bakterije u crevima, a to ugrožava metabolizam glukoze.